И .П. Шишкина является автором более 95 научных трудов – учебников, учебных пособий, в том числе четырех монографических работ, научных и учебно-методических статей.
1. Аналитическое чтение. Пособие для студентов старших курсов. Л: Просвещение, 1966.
2. Крылатые слова, их происхождение и значение. Пособие для студентов пединститутов. Л.: Просвещение, 1972.
3. Субстантивное словосочетание и структура текста. Монографическая статья// Словосочетание и структура текста. ЛГПИ, 1978.
4. Методика преподавания немецкого языка в пед. вузе. Учебное пособие. М.: Просвещение, 1983.
5. Немецкий язык. Учебник для 3 курса. М.: Просвещение, 1988.
6. Немецкий язык. Учебник для 4 курса. М.: Просвещение, 1990.
7. Интерпретация художественного текста. М.: Просвещение, 1989.
8. В мире текста. Монография в соавторстве с Е.А. Гончаровой.
9. Интертекстуальные связи базисного и производного текстов. Тезисы доклада // Герценовские чтения. СПб, 1992.
10. Es wird etwas geschehen. Рассказы немецких писателей. Составление и комментарий. СПб.: Просвещение, 1997.
11. Russland und Deutschland “sollen Hand in Hand in die Zukunft gehen”. Thomas Mann und die russische Literatur, Konflikt und Konsens //Deutschland, Italien und Russland auf dem Weg zum vereinten Europa. Hrsg. Richard Br?ttung. Europ?ischer Verlag der Wissenschaften, 2001